【方丈東庭】 七五三の庭もしくは十六羅漢石組と見られる配石。
【方丈東庭】 七五三石組・庭石が縁起のいい奇数の7、5、3に配置してある 村田珠光愛用の手水鉢、紫式部産湯の井戸 金森宗和作の茶室「庭玉軒」
【書院庭園】 ・蓬莱山から落ちる滝、堰を切って大海に流れ込む水をすべて砂で表し、宝船や長寿の鶴亀を石組で表した、開祖古岳宗亘禅師による室町時代の代表的な枯山水庭園。 ・禅院式枯山水庭園の最高傑作 【方丈庭園】 ・菩提樹が枝葉を広げ、初夏には清純な白い花をさかせます。
【滹沱底】 阿吽の石庭とも言われる。秀吉が造営した聚楽第の遺構と伝わる石が東西に配され、穴の空いた凹型の方を「阿の石」、凸型の石を「吽」の石という。 【東滴壺(とうてきこ)】 日本で最小の石庭。一滴の波紋が大海原となって広がってゆく様を約4坪わずかな空間で表現している。鍋島岳夫氏の遺作。 【一枝坦】 鶴亀蓬莱式 方丈から向かって右が石組みの鶴島、左の石と苔山の亀島、その中央の石組が蓬莱山、白砂が大海原を表している。 【龍吟庭】 全面を覆う杉苔からなり、中央の石組(左右に二つの石が組まれ三尊石になっている)が須弥山、苔地は大海、石組は陸地を表している。
【直中庭(じきちゅうてい)】 千利休が66歳のときに作庭したと伝わる枯山水庭園。秀吉のシンボルでもある瓢箪型の枯池、大徳寺の徹翁禅師が比叡山から持ち帰ったと伝えられる不動三尊石、加藤清正が朝鮮から持ち帰ったとされる朝鮮灯籠が見どころ。 【破頭庭】 天正年間(1573-1593)に作庭された。破頭とは悟りの境地に達することという。 手前半分を白川砂、奥を桂石で区切り苔を配したシンプルな庭。苔の上の大小二石は観音菩薩、勢至菩薩を表しているとされる。東端(左手)に、釈迦を表したという 沙羅双樹(実際には夏椿)が植えられ、その右脇に人を表したという石が伏されており、釈迦にひれ伏す人を表すともいう。 【作仏庭】 本堂北の枯山水式庭園。北東に組まれた滝を表す立石から流れた水が、西と南へ流れ下っている。本堂東の中庭に回った流れの中には小船に見立てた巨石も据えられており、南の破頭庭へと注いでいる。
【独坐庭(どくざてい)】 ・荒波が打ち寄せる様子を白砂で表現している。 【閑眠庭(かんみんてい)】 別称「十字架の庭」。キリシタン灯籠を中心に、縦に4個・横に3個が並び十字架に組まれている。 【茶庭】 松・苔の植栽に飛び石という典型的な茶庭。近年改築。